מרכז המצוינות במוסיקה, אותו מוביל הקונסרבטוריון, פועל מטעם עיריית באר שבע ובשיתוף עם משרד החינוך והמשרד לפיתוח הנגב והגליל. המרכז פועל לחשוף את כלל ילדי העיר באר שבע למוסיקה בכלל, ולנגינה בפרט. חשיפת הילדים לעולם המוסיקלי מגיל צעיר מעשירה את עולמם, מקדמת ומעצימה יכולות אישיות וחברתיות, מפתחת את התחום המוטורי, התנועתי, הרגשי, החברתי והערכי ומקנה כישורי חיים, למידה ועמידה על במה.
בסיועו הנדיב של המרכז למצוינות באר שבע, יכול הקונסרבטוריון בבאר שבע להעסיק מורים דרך תכנית "שילוב אמנים בהוראה", שהם אנשי מקצוע מהמעולים בתחומם. התלמידים המצטיינים של הקונסרבטוריון זוכים לקבל שיעורים ממורים ברמה ארצית ואף בינלאומית, מה שממצב את הקונסרבטוריון כמוסד מוביל בתחומו.
תכנית נוספת הקיימת בתמיכת המרכז היא תכנית 4X4 שמטרתה היא נגינה של מוסיקה קאמרית בהרכבים של כל סוגי הכלים.
המרכז למצוינות משקיע לא רק בראש הפירמידה אלא גם בבסיסה: פרויקט "בית ספר מנגן" ממומן ע"י מרכז המצוינות, ובכך מנסה העיר באר שבע להעניק שוויון הזדמנויות בחינוך למספר גדול ככל האפשר של תלמידים הלומדים בתחומה.
השנה מתקיימים פרויקטים ללימוד נגינה בבתי הספר הבאים: אלומות (כלי פריטה), היובל (כלי נשיפה) ונטעים (מיתרים).
בגני הילדים מופעלת תכנית של לימודי תיגוף ו"צלילי גן". בנוסף, מרכז המצוינות מלווה את התלמידים במהלך לימודיהם בביה"ס היסודי ובכל שנה זוכים התלמידים לבקר במופע אחד הקשור במוסיקה אמנותית. בשנה הקודמת ביקרו במופעים אלה כ- 11,000 תלמידים ולקונצרטים בגני הילדים הגיעו כ- 4900 ילדים.